Después llegó la pelea contra Ali/Clay en la que, según algunos informes del FBI desclasificados en 2014, Liston se habría dejado perder tras haber apostado tanto él como Irving 'Ash' Resnick, un corredor de apuestas e importante figura del juego y de los casinos de Las Vegas, un millón de dólares cada uno. Aquella investigación se basó en una conversación de Resnick con otro afamado jugador de entonces, pero las pesquisas no llegaron a más. La carrera de Sonny quedó bastante sepultada por la segunda derrota contra 'The Greatest' poco después. Era más su crédito lo quedó dañado, bien porque no se preparaba para sus combates, bien porque era un corrupto.
El famoso 'golpe fantasma' lo convirtió en un juguete roto, aunque aún siguió pasando por encima de unos cuantos rivales, pues la mafia no iba a dejar de exprimir una de sus fuentes de ingresos. Entre tanto el púgil empezó a beber cada vez más y consumir con mayor frecuencia cocaína e incluso heroína, al tiempo que se seguía moviendo en los círculos mafiosos de la Ciudad del Pecado. Según se ha apuntado, Liston ya no era rentable y sabía demasiado, ya fuera por los amaños perpetrados o por los trabajos que había ejecutado para sus 'jefes'. Incluso se comentó tras su muerte que no se dejó perder contra Chuck Wepner y de ahí el enfado de sus 'apoderados'. Aunque no casaba con el estilo de la mafia, hasta se especuló con un 'refinamiento' en el estilo de matar de los gángster a la hora de acabar con el 'Gran Oso'. Ante todo se le sigue recordando como un boxeador temible.
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